DESARROLLO DE UN MODELO QSAR-N3 PARA PÉPTIDOS INHIBIDORES DE ENZIMA CONVERTIDORA DE LA ANGIOTENSINA (ACE)

Abstract:

En este trabajo se presenta el desarrollo de una relación cuantitativa estructuraactividad basado en el método de clasificación de los N-vecinos (QSAR-N3) para péptidos bioactivos (PBA) con capacidad de inhibir enzima convertidora de la angiotensina (ACE). Se usó una base de datos de PBA [1] conteniendo secuencias entre 2 y 4 aminoácidos, para los cuales el valor de inhibición ACE fue reportado como ln (1/IC50). Las geometrías de los PBA fueron apropiadamente optimizados en el programa HyperChem [2] y seguidamente se calcularon 953 descriptores moleculares [3] en el programa Dragon [4]. Posteriormente, la base de datos se dividió en dos clases usando como valor de corte el percentil 66 de la actividad (-1.386), de tal forma que PBA con alta actividad corresponden a aquellos con valor superior a dicho umbral, mientras que los restantes corresponden a los de baja actividad. Para efectos de validación, la base de datos se dividió de forma casual y proporcional a la numerosidad de las clases en un conjunto de calibración (60%) y otro de pbkp_redicción (40%). Posteriormente, se realizó una reducción de descriptores mediante el algoritmo de conglomerados k-medias, considerando los descriptores y la actividad. Para la selección del mejor subconjunto se ha propuesto y utilizado el índice η, el cual tiene en consideración la compactación y densidad del conglomerado, así como de la cercanía de la respuesta al centroide del mismo. Seguidamente, se realizó una selección de descriptores basado en algoritmos genéticos (GA-VSS)[5] acoplado al método de clasificación N3 [6]. Este método clasifica en función de similitudes …

Año de publicación:

2016

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