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Diagnóstico de grapevine virus A y grapevine virus B mediante el uso del dispositivo MinION - Oxford Nanopore Sequencing

Abstract:

Los viñedos son uno de los cultivos de mayor producción en el mundo debido a sus propiedades alimenticias e industriales. Estos cultivos pueden hospedar patógenos virales cuya infección produce una reducción de la calidad de los frutos, causando pérdidas de hasta $ 47 000 por hectárea anualmente. La mejor forma de controlar estos agentes es la producción y distribución de plantas libres de virus mediante la selección de ejemplares sanos para su reproducción. Los métodos tradicionales de detección no permiten diagnosticar infecciones en estados tempranos, por lo que se ha propuesto la identificación por medio de secuenciación con MinION por su rendimiento y sensibilidad en condiciones de campo. El presente estudio propone un flujo de procesos in silico, basado en las herramientas E-probe Diagnostic Nucleic acid Analysis y NanoSim, orientado a la validación hasta la fase de reconocimiento provisional en la utilización de e-probes como prueba para la detección de varias cepas de Grapevine virus A y de Grapevine virus B en diversas zonas geográficas, en el que la simulación de muestras metagenómicas y posterior análisis con e-probes permitió determinar los parámetros de desempeño de la prueba para su posterior implementación en la producción de plantas libres de estos virus.