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Estudio de agentes virológicos excretados por la población de Quito, mediante análisis de metagenoma de aguas superficiales urbanas

Abstract:

La cobertura de saneamiento en Ecuador es limitada y únicamente el 28,8 por ciento de las aguas residuales del país reciben tratamiento, descargando el resto directamente a ríos. Estas descargas representan uno de los mayores problemas ambientales de Quito, al recibir el aporte de microbiota de cada uno de los 2,2 millones de habitantes. En las aguas residuales hay gran diversidad patogénica, entre ellos los virus que tienen un papel importante en muchas enfermedades. Este estudio pretende analizar por metagenómica las especies virales excretadas por la población en las aguas residuales urbanas descargadas en los ríos Machángara y Monjas de la ciudad de Quito. En este estudio se seleccionaron tres puntos representativos de los ríos Machángara y Monjas que recibieron las principales descargas del sistema de alcantarillado de Quito. Se tomaron muestras de agua de 500 mL y se concentraron mediante floculación de leche desnatada. Después, se analizó la calidad microbiológica y se procesaron las muestras para secuenciación Illumina MiSeq. Para el ensamblaje de las lecturas de viromas se empleó CLC Genomics y se consultó la similitud de los contigs contra 3 bases de datos: GenBank, NCBI y UniProt. Finalmente, se tipificaron especies de interés y se analizó la filogenia. En las aguas altamente contaminadas de la ciudad de Quito se encontraron dos mil secuencias asociadas a virus y dentro de la diversidad de huéspedes asociados a virus identificados, 9 familias y 26 especies se vincularon a humanos. Entre las especies detectadas, la mayoría de virus se relacionaron con gastroenteritis: Aichivirus, Mamastrovirus, Bufavirus, Bocavirus, Cosavirus, Virus Sapporo, Mastadenovirus F y Salivirus. Además, se detectaron Echovirus 25 causante de meningitis aséptica, Gammapapillomavirus relacionado con lesiones cutáneas, Parechovirus agente etiológico de deterioro neurológico y Poliomavirus 1 vinculado con afecciones del tracto urinario. Se determinó también que las cepas de Echovirus 25 y Bufavirus 1 proceden de China y Burkina Faso, respectivamente. De esta forma se revela la diversidad de virus que circulan dentro de la población quiteña y se detallan agentes infecciosos descritos por primera vez en Ecuador y muy poco reportados en Latinoamérica.