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Metagenómica de las comunidades microbianas en suelos hortoflorícolas bajo sistemas de manejo orgánico y convencional

Abstract:

Los microorganismos, especialmente hongos y bacterias, son muy importantes para el funcionamiento de los suelos agrícolas, desarrollando procesos importantes para el mantenimiento del suelo como un ecosistema. Las comunidades microbianas del suelo son extremadamente diversas; sin embargo, la caracterización y comprensión de esta diversidad es limitada debido al carácter no cultivable del 99% de los microorganismos. El presente estudio se realizó en el Laboratorio de Biología Molecular de la Facultad de Ciencias Agropecuarias de la Universidad de Cuenca, con el objetivo de determinar las diferencias en caso de existir, en la composición de las comunidades microbianas en suelos hortoflorícolas bajo sistemas de manejo orgánico y convencional. El trabajo se llevó a cabo analizando 10 pares de muestras de suelo de la zona rizosférica (10 cm), a partir de las cuales se extrajo el ADN metagenómico, se amplifico el ADN ribosomal 16S y la región ITS por PCR con cebadores universales y mediante la aplicación de la técnica de DGGE se obtuvieron imágenes de los perfiles de diversidad. A partir de estos perfiles se estimaron los índices de diversidad y composición bacteriana y fúngica. Los resultados obtenidos no muestran diferencias significativas a nivel de las comunidades microbianas entre los dos sistemas de manejo evaluados. Adicional a estos datos, se analizaron las propiedades fisicoquímicas de los suelos muestreados, encontrando de igual manera resultados similares en los dos sistemas de manejo.