Compuestos Fitoquímicos Dirigidos al Bloqueo de la Polimerasa Viral del SARS-CoV-2 causante del COVID-19: un Análisis Comparativo de Funciones de Puntuación para Acoplamientos …

Abstract:

La pandemia mundial del COVID-19 causada por el SARS-CoV-2 ha hecho necesario buscar alternativas de tratamiento. La OMS ha recomendado el fármaco aprobado por la FDA Remdesivir dirigido a la RNA polimerasa viral. Adicionalmente, se han evaluado computacionalmente compuestos naturales con propiedades antivirales. Sin embargo, estos estudios se centran en el uso de la función de puntuación del algoritmo AutoDock Vina (ADV) para predecir los candidatos. Aquí proponemos evaluar los fitoquímicos Piperina_ID_638024, EPGG_ID_65064, Curcumina_ID_969516, y Capsaicina_ID_1548943 frente a la RNA polimerasa del SARS-CoV-2 (PDB_ID_6NUR), usando Remdesivir_ID_121304016 como control, mediante análisis computacional, comparativo y multivariado de las funciones de puntuación ADV, PLANTS, MolDock, Rerank y DockT considerando la solubilidad de ligandos e hidrofobicidad de las cavidades implicadas en las interacciones, para aumentar la precisión en la pbkp_redicción de los mejores acoplamientos de los compuestos naturales frente al COVID-19. Encontramos que 4/5 de las funciones de puntuación exceptuando ADV pbkp_redijeron el acoplamiento termodinámicamente más favorable con Piperina, superando a Remdesivir. También observamos que las calificaciones de PLANTS, ADV y DockT se afectan por la solubilidad del ligando e hidrofobicidad de cavidades. Bajo las condiciones de este estudio concluimos que los algoritmos MolDock y Rerank son más adecuados para el cribado rápido y la reorganización de acoplamientos, cuando se trabaje con ligandos solubles (Rp = 0.70 para ambos …

Año de publicación:

2020

Keywords:

Fuente:

google